تاریخ حوزه را می‌توان به سه بخش تقسیم کرد؛
دوره اول حوزه همان دوره ممنوعیت منبر و لباس روحانیت بود. خروجی آن هم امثال مرحوم خوانساری و مرحوم اراکی و امام راحل بود و با اینکه آن زمان ضعیف‌ترین دوره حوزه بود، افراد و شخصیتهای و بزرگان زیادی از آن برخواستند.

◻️ دوره دوم دوره زعامت آیت الله بروجردی بود که در آن دوره ایشان ابتکاراتی از قبیل فقه مقارن و طبقات الرجال و.. را به ارمغان آوردند.

◻️ دوره سوم حوزه، زمان انقلاب است که مدیران حوزه باید از این دوره محافظت کنند، درست است که حوزه برای نظام کارهای بزرگی مثل تدوین قانون اساسی را انجام داد که یک کار علمی و ارزشمند بود، اما نباید طلاب با استعداد جذب مراکز غیرحوزوی شوند، حوزه نباید نهال فروشی کند، طلاب خوش استعداد که می‌توانند علمای برجسته بشوند نباید جذب جاهای دیگر مثل قضاوت و امثال آن شوند، چون اینها آیندگان حوزه هستند و این امور هدر دادن طلاب و نهال فروشی است!(حضرت آیه الله جوادی آملی دردیدار باحجت الاسلام‌والمسلمین فرحانی، دبیر سیاستگذاری همایش یکصدمین سال بازتاسیس حوزه علمیه قم